重庆直辖市设立后，在原四川省涪陵市人民检察院的基础上，1998年5月新设立了重庆市人民检察院第三分院（机关地址：重庆市涪陵区太极大道63号）。下辖涪陵区、南川区、武隆区、丰都县、垫江县等5个基层检察院。辖区面积1.29万平方公里，常住人口372.5万。
分院现有在编人员83人，其中，员额检察官26人，检察辅助人员和司法行政人员57人；大学本科及以上学历80人，其中：具有硕士学位23人、博士学位1人。
分院内设办公室、政治部（下设干部人事室、宣传教育室）、检察一部、检察二部、检察三部、检察四部、检察五部、检察六部、检察七部、检察业务保障部、检察事务保障部、检务督察部等12个机构。还设有派驻涪陵监狱检察室、派驻垫江监狱检察室、派驻南川监狱检察室，机关党委、机关纪委和机关工会。
建院以来，我院先后荣获重庆市文明单位、重庆市爱国卫生先进单位、全市检察机关文化建设示范院、全国检察机关文明接待室等荣誉。近五年来，共有43件案件入选最高检、全市检察机关指导性案例、典型案例，获得国家、市级表彰奖励集体32项、个人73人次。
2023年，三分院党组提出“创一流、创唯一，争先进、争先行”工作思路，突出司法办案，强化规范管理，夯实队伍建设，着力在工作的质量、效果、影响上下功夫，带领队伍围绕中心工作全面履行好各项检察职能，推动检察工作再上新台阶。
