2020年3月，两江地区检察院经市委审议、最高检审批同意，市人大常委会决定批准正式成立，与重庆铁路运输检察院合署办公，内设机构、人员编制、领导职数保持不变，仍为市院派出机构，系全国率先设立的生态环保专门检察院。工作职责简称为“1跨2联5涉”。

在管辖上，市人大常委会授权管辖跨区域行政公益诉讼案件（简称“1”跨）。

市院明确主要管辖长江流域重庆段跨区域和地方检察院不宜管辖的生态环境与资源保护领域行政公益诉讼案件、广阳岛片区生态环境与资源保护领域行政公益诉讼案件（简称涉水和涉岛）；依法对重庆铁路运输检察院管辖内刑事诉讼、民事诉讼、行政诉讼、公益诉讼等司法执法活动履行法律监督职能，管辖铁路区域现有成渝线、川黔线、渝怀线、襄渝线、达万线、遂渝线、渝利线、南涪线、万凉线、内六线、宜珙线等铁路运输正线（含复线）及若干支线，管辖区域跨越四省一市（即重庆、四川、云南、贵州、湖北）（简称涉铁）；与解放军成都军事检察院联合探索涉军领域公益诉讼案件（简称涉军）；集中管辖市中心城区范围内“基层人民法院审理的第一审金融民商事案件、涉金融行政案件及其生效裁判的执行案件”的法律监督案件（简称涉金融），形成以跨区域为特征的“五涉”（涉水、涉岛、涉铁、涉军、涉金融）案件管辖权。

同时，我院还负责市院派驻市河长办公室检察联络室具体工作，西部战区第一军事检察院与我市“军地检察协作联络办公室”工作（简称“2联”）。